قسم الباطنة في مستشفى طنطا العام الجديدة يقدم خدمات طبية متخصصة في مجال أمراض الباطنة طوال أيام الأسبوع، ويشمل عدة وحدات متخصصة مثل وحدة الجهاز الهضمي، وحدة الكلى، وحدة أمراض الدم، وحدة الغدد الصماء، وحدة أمراض الروماتيزم والمناعة، ووحدة أمراض الشيخوخة ومن ابرز دكاترة هذا القسم:
| دكتور اباء حسين الشيخ | من ٩:٠٠ ص إلى ١١:٠٠ ص |
| دكتورة مروة محمد بلتاجي | من ١١:٠٠ ص إلى ١:٠٠ م |
| دكتور وليد بركات | من ١:٠٠ م إلى ٣:٠٠ م |
| دكتور ياسر حسين البربري | من ٣:٠٠ م إلى ٥:٠٠ م |
| دكتور مكرم فهمي سيدهم | من ٥:٠٠ م إلى ٧:٠٠ م |
| دكتور أحمد المرسى حسين | من ٧:٠٠ م إلى ٩:٠٠ م |
| دكتور محمود فاروق سليم | من ٩:٠٠ م إلى ١١:٠٠ م |
| دكتورة نادية محمد علوان | من ١١:٠٠ م إلى ١:٠٠ ص |
| دكتور محمد مصطفى الفقى | من ١:٠٠ ص إلى ٣:٠٠ ص |
| دكتور سامي عبد القادر خضير | من ٣:٠٠ ص إلى ٥:٠٠ ص |